Nel 1785 la Confraternita del Ss. Viatico della Maestranza realizzò, sotto il piano di calpestio della chiesa e su disegno di Giovan Battista Santoro (Avola 1754-1832), caput magistrorum della città, una Cripta per la sepoltura dei propri adepti. La struttura funeraria, fabbricata da mastro Corrado Alì, come informa un atto notarile con allegato lo schizzo del progetto, ebbe a modello la Cripta dei Cappuccini di Palermo: essa, dopo gli scavi effettuati nel 1982, è visibile sotto il piano terra, presenta nicchie verticali adibite a purgatoi e una carnale, fossa centrale posta a un livello sottostante alla stessa costruzione. La settecentesca sepoltura fu utilizzata fino a metà Ottocento, quando si costruì, fuori dall’abitato, il Camposanto Comunale.